侦探推理题答案解析：
约翰是林杀的，具体事实如下：
林和约翰交往多年，又是事业上的搭档，本来十分美满。但约翰为人自私狭隘，为了名声竟然剽窃导师的成果。林对他十分失望，有了分手的想法。这个时候，她偶然发现约翰居然和身份可疑的S频繁接触。 原来，约翰要把模块卖给S，作为回报，S付给他一大比钱并安排他潜逃出国！
林是约翰最亲密的人，因此她很容易就发现了这个秘密。出于对约翰的感情她约约翰出来见面，挑明真相。而约翰坚决否认，两人大吵一架。但林并不放心，她尾随约翰来到实验室，看到他正在拷贝程序。 被发现后，约翰居然要扼死她以灭口！在挣扎中，她抓起水果刀刺死了约翰。
冷静下来以后，林破坏了现场。她取出约翰拷贝的磁盘，把它和其他一些不重要的磁盘一起砸碎了（虽然为了自卫，她杀了约翰。但从感情上来说，她还是不愿意他被别人叫做卖国贼）。 最后，她用围巾擦掉了水果刀上的指纹，关好电脑离开了现场。 因为身上沾到了血迹，她一直游荡到熄灯才敢回宿舍。之后迅速处理了衣服。
关于疑点二，可以这样解释：S那天和约翰约好22点在实验室附近的花园见面交易，但过了时间约翰还没出现，S就偷偷上楼去查看，一开灯就发现了尸体。S以为是同行所为，又怕自己身份被揭穿，于是匆匆离开了，决定马上回国。
至此，一切都清楚了。